[ /tv/ /rf/ /vg/ /a/ /b/ /u/ /bo/ /fur/ /to/ /dt/ /cp/ /oe/ /bg/ /ve/ /r/ /mad/ /d/ /mu/ /cr/ /di/ /sw/ /hr/ /wh/ /lor/ /s/ /hau/ /slow/ /gf/ /vn/ /w/ /ma/ /azu/ /wn/ ] [ Main | Settings | Bookmarks | Music Player ]

No.84495 Reply
File: №1.png
Png, 51.66 KB, 800×600
edit Find source with google Find source with iqdb
№1.png
File: №2.png
Png, 113.74 KB, 800×600
edit Find source with google Find source with iqdb
№2.png

Уважаемые аноны! Мне нужна ваша помощь в поиске подходящей программы для морфометрии. (Или помощи в работе с ImageScope).
Я морфолог (такой врач, который смотрит стекла, с приготовленными и окрашенными гематоксилином-эозином микропрепаратами органов животных и людей), и для адекватной работы мне нужно решить следующие задачи: (как минимум)
1) На пике №1 изображено поле, на котором много синих овалов и коричневых овалов. Мне нужно подсчитать (вручную) общее количество и тех и других, но при этом знать число коричневых овалов.
2) На пике №2 изображено поле, где есть области, построенные из разных овалов. Между этими областями имеются прослойки розового цвета. Мне нужно узнать площадь, которую занимают эти прослойки.

Вот и все задачи. Аноны, не стал бы отвлекать ваше внимание, но фирма-дистрибьютор за оригинальное ПО требует овер 2к евро! Помоги отечественной науке, анон!
>> No.84504 Reply
>>84495
Видел такую на хабре.
>> No.84633 Reply
>>84495
Нашел чего-нибудь? Могу написать, в теории
>> No.84713 Reply
Для начала запостил бы микрофотографии, чтобы проще было понять с чем имеем дело. Умные люди пишут на питоне програмки для этого дела. Но если ты в програмировании хуй простой, а автоматизировать хочется - пользуй Cellprofiler. Там уже готовые модули, которые набираешь и подстраиваешь. Берешь, смотришь туториалы, читаешь подсказки, строишь пайплайн и считаешь.
С первой задачей точно проавляется, со второй я не работал, то тоже ничего невыполнимого.
А какой объем работы собственно? Потому что если там хуйню считать, то проще было бы за один вечер в ImageJ ручками посчитать и не заебываться.
>> No.84715 Reply
Я сейчас начинаю учиться программировать. Жди. К началу следующего лета наверное подгоню тебе прогу для такого за бесплатно.
>> No.84718 Reply
File: 1333190643300.jpg
Jpg, 205.78 KB, 1007×1700 - Click the image to expand
edit Find source with google Find source with iqdb
1333190643300.jpg
>>84715
Не подгонишь. У тебя изменится восприятие реальности и отношение к миру. Здесь бы подошел пик «В детстве я мечтал создавать игры @ Теперь я этим занимаюсь на самом деле»

Алсо нужно понимать прикладное значение материала с которым работаешь.
>> No.84719 Reply
>>84495
Хочу помочь анону, но не знаю как. Скажи как называется прога которую за 2к толкают. Мб пираты уже все выложили, я поищу.
а, пост два месяца назад, я как обычно слоу
>> No.84770 Reply
File: №1.png
Png, 470.46 KB, 1600×746 - Click the image to expand
edit Find source with google Find source with iqdb
№1.png
>>84495
Смотри, я написал скрипт, который распознал 48 из 49 кругов на твоей первой картинке (круг с номером я затёр под фон).
Суть в том, что если овалы именно овалы, а не дребезжащие восьмёркообразные мохнатые петли с ножками, то можно попробовать привести изображение к одним окружностям, а потом распознать их как некое количество букв «О».

Чтобы очистить изображение и привести к одним буквам «О», которые останется только распознать, я знаю два пути:
1a. convert -edge из ImageMagick: https://www.imagemagick.org/Usage/transform/#vision
1б. GIMP’ом вручню, полуручную или автоматически, насколько хватит скила — у меня его нет. Итак, в гимпе крутим уровни/порог, дабы вырезать шум, фон и прочее ненужное. Получаем овалы. Можно заюзать специальные фильтры, которые подчеркнут нам слабые места: метод Собела есть и в гимпе и в фотошопе, если их используют приборы для навигации в космосе (да, я пилил эти программы), то и в биологии подойдут.
2. Потом, когда картинка будет состоять из одних букв «О», почистить от оставшихся точек ластиком и прогнать через распознаватель текста. Тессеракт — открытое ПО, распознаёт лучше других (https://habrahabr.ru/post/153617/), но хз как оно поведёт себя с мохнатыми петлями^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H овалами. Плюс некоторое количество полуовалов распознается, как буквы «С», скобки или запятые, нам надо их вырезать, и посчитать только буквы:

`# Распознаём картинку вырезаем ненужное считаем`
`$ tesseract "$filename" stdout -l eng --psm 6 | sed -r 's/[^0oOQ]//g' | wc --chars`

На этой стадии я решил собрать скрипт, который можно пинать откуда угодно: https://pastebin.com/raw/Hnyej2mB
Voila, теперь мы просто кликаем на файл, выбираем картинку и получаем ответ через несколько секунд. Сразу дисклеймер: погрешность тессеракта может составлять ±5…10 символов уже на этих овалах, если ты прогонишь tesseract на картинке, то увидишь там маленькие буквы «g» — возможно, он распознаёт два овала, как овал и петлю английской «g» и лучше будет использовать `-l rus`. Да, нужно поставить линукс, тессеракт, xdialog и libnotify.
inb4 уминяжевиндовс — на виндовсе или колупайся руками или башляй корпорацеям из своей зарплаты.

Работу GIMP можно автоматизировать скриптом на пихтоне, но я этого не умею, а без этого быстрее посчитаешь тупо отмечая овалы крестиками. Овалы на картинке не подчёркивались ничем, не менялись уровни, порог — я просто обесцветил картинку по свечению (Colors → Desaturate → Luminosity). В разноцветном варианте овалов распозналось на один меньше.
>> No.84771 Reply
File: 1505145957.png
Png, 135.71 KB, 834×259 - Click the image to expand
edit Find source with google Find source with iqdb
1505145957.png
>>84770
На русском тессеракт видит больше символов копирайта и собак wwwwww
>> No.84772 Reply
>>84770
Экий ты извращенец. Это легко делается, пользуя flood fill в каком-то opencv + питон.
>> No.84773 Reply
File: [OZC-EZ8]-Black-Lagoon-Ep.07-Calm-Down,-Two-Men-[7.png
Png, 944.99 KB, 1280×720 - Click the image to expand
edit Find source with google Find source with iqdb
[OZC-EZ8]-Black-Lagoon-Ep.07-Calm-Down,-Two-Men-[7.png
>>84772
> Это легко делается…
Ну вот возьми и сделай.


Password:

[ /tv/ /rf/ /vg/ /a/ /b/ /u/ /bo/ /fur/ /to/ /dt/ /cp/ /oe/ /bg/ /ve/ /r/ /mad/ /d/ /mu/ /cr/ /di/ /sw/ /hr/ /wh/ /lor/ /s/ /hau/ /slow/ /gf/ /vn/ /w/ /ma/ /azu/ /wn/ ] [ Main | Settings | Bookmarks | Music Player ]