Если вы тут всерьёз хотите какой-то сюжет развивать, то есть идейка. Относительно оригинальна (для фанфика, надеюсь, по крайней мере, на это), при чём не приведёт к неизбежному для всех вышеперечисленных богинесрачу.
Собственно суть:
Предыстория всего происходившего в сериале, от расы Прародителей до приезда Синдзи в Токио-3. Тут огромный простор для фантазии - можно написать грандиозную эпопею длительностью в 5 миллиардов лет.
Основные вехи:
- Прародители: древнейшая высокоразвитая раса, модифицирующая себя посредством генной инженерии и различных технологий. Изначально могли быть такими же как люди, позже разделились на множество разновидностей в зависимости от специализации. История Адама и Лилит, их специализация - насаждение жизни в отдалённых уголках вселенной (что очевидно). Как они оказались на одной планете, причины их противоборства.
- свитки мёртвого моря: как они появились, кто их написал (очевидно, кто-то из Прародителей, и как они впоследствии были найдены.
- появление SEELE, или их предшественника. История становления этой тёмной организации: заговоры, интрыги, "дворцовые" перевороты. Возникает фигура Кила Лоренца.
- нахождение Геофронтов, копья Лонгина (или, может, оно было найдено вместе со свитками?), Лилит и Адама. SEELE приступает к активным действиям, учреждается институт Гехирн.
- становление NERV. Тут уже появляется множество пересечений с сюжетом оригинала, более подробное освещение данной темы (конечно, без противоречий с основным сюжетом).